Naast het wegen op de begane grond, werden de andere verdiepingen van het gebouw lange tijd gebruikt als hoofdwachtlokaal voor de burgermilitie en het hier gelegerde garnizoen. Van 1568 tot 1840 speelde het gebouw een rol bij het bewaren van orde en veiligheid en verdediging van de stad. Vanaf de 14e tot in de 19e eeuw was iedere volwassen burger verplicht deel te nemen aan de burgerwacht. Dit was een vorm van burgerparticipatie om de stad te bewaken. Ter bescherming van de stad werd in 1586 een staatsgarnizoen gelegerd dat zo’n twee eeuwen met de burgerwacht samenwerkte.

In de strenge winter van 1794-1795 trokken de Fransen het land binnen. De geallieerde legers vluchtten, en ongeveer 6000 soldaten, vooral Engelsen, kwamen in Deventer terecht. In De Waag werd een hospitaal voor hen ingericht. Bijna 1000 soldaten stierven maar door de kou konden de overleden soldaten niet direct begraven worden. Hun lichamen werden tijdelijk op onder andere het bordes van De Waag neergelegd totdat een begrafenis buiten de stad mogelijk was. Nadat de Fransen Deventer innamen, gebruikten ze De Waag als kazerne met een slaapzaal voor 200 soldaten. Rond 1850 was een nieuwe kazerne aan de Houtmarkt klaar en verloor De Waag zijn militaire functie.